KÜNKHYEN Longchen Rabjam sinh tại Tötrong trong Thung lũng Tra miền nam của trung tâm Tây Tạng, vào ngày mồng mười tháng hai năm Thổ Thân thuộc Rabjung thứ năm (1308). Thân phụ ngài là Tenpa Sung, một hành giả Mật thừa thuộc bộ tôc Rok. Thân mẫu ngài là Sönam Gyen thuộc bộ tộc Drom. Lúc mang thai ngài, mẹ ngài mơ thấy một mặt trời đặt trên đầu một con sư tử chiếu sáng toàn thể thế giới. Lúc ngài ra đời, nữ Hộ Pháp Namdru Remati xuất hiện trong hình tướng của một người đàn bà màu đen. Ôm đứa bé trong tay, bà nói: “Ta sẽ bảo vệ cậu bé,” và bà trao đứa bé lại cho mẹ nó rồi biến mất.